NetApp ofrece compatibilidad total de conexiones de host de Fibre Channel (FC) con los principales sistemas operativos: Windows®, ESX Server, Solaris™, Oracle® Enterprise Linux®, Red Hat Linux, SUSE Linux, AIX, HP/UX, NetWare y OpenVMS. NetApp ofrece soluciones sólidas para configuraciones de alta disponibilidad a través de accesos múltiples y agrupaciones en clúster. Se trata de software basado en host nativo, e independiente del servidor y del almacenamiento, como se muestra en el siguiente cuadro.
| Compatibilidad con host de SAN FC de NetApp |
| Proveedor de sistema operativo | HBA | Acceso múltiple | Clúster de host |
Microsoft Windows / Hyper-V | Brocade Emulex Qlogic | MPIO NetApp Data ONTAP DSM Veritas™ DMP | MSCS Veritas VCS |
| VMware | Brocade Emulex Qlogic | VMware® | MSCS VirtualCenter (VMotion™) |
| Oracle Linux® | Qlogic Emulex | DM-MP Veritas DMP | Oracle® Clusterware Veritas VCS Veritas FSCFSRAC Red Hat Cluster Suite |
| Oracle Solaris | Nativo Emulex QLogic | MPxIO Veritas DMP | Sun Cluster Veritas VCS |
| Red Hat Linux | Brocade Emulex Qlogic | DM-MP Veritas DMP | Oracle 10g™ RH Cluster Suite Veritas VCS Veritas FSCFSRAC |
| SUSE Linux | QLogic Emulex | DM-MP | Oracle 10g |
| IBM AIX | Nativo | MPIO Veritas DMP SANPath | PowerHA VCS |
| HP HP-UX | Native Emulex | HP PVLinks Veritas DMP | MC ServiceGuard Veritas VCS |
| Novel NetWare | QLogic | QLogic | Novel Clusters |
| OpenVMS | Emulex | OpenVMS | OpenVMS |
NetApp dota a su sistema operativo Data ONTAP®, así como a su gama de productos de virtualización y almacenamiento Fibre Channel, de sistemas operativos líderes y de software de bases de datos y aplicaciones. Las soluciones Fibre Channel de NetApp, que cuentan con la certificación de Windows Server y ofrecen compatibilidad acreditada con las soluciones VMware SAN, los productos de almacenamiento de Orange y el hardware de Symantec y Veritas, le garantizan un rendimiento y compatibilidad de nivel empresarial.